02827naa a2200169 a 450000100080000000500110000800800410001910000110006024500760007126000090014752023470015665300110250365300100251465300150252465300080253977301100254710777332011-07-11       2009    bl ---       0--  u    #d1 aEpagri  aAn??lise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea spp.  c2009  aPolimorfismos de modifica????es nucleot??dicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs Insertion / Deletions) t??m uma alta freq????ncia nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles v??m se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagn??stico. A identifica????o destes polimorfismos ir?? fornecer marcadores que poder??o ser utilizados para o mapeamento gen??tico, estudos de gen??tica de popula????o e de associa????o. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seq????ncias de ESTs dispon??veis; e 2) analisar a diversidade nucleot??dica em Coffea spp. Um pipeline para identifica????o de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seq????ncias de ESTs dispon??veis de Coffea spp. Foi utilizado uma estrat??gia para detec????o de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identifica????o de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que est??o presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evid??ncia molecular sobre a especia????o de C. arabica. De acordo com essas an??lises cerca de 55% das seq????ncias de C. arabica s??o derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Al??m disso, foi poss??vel observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora est??o envolvidos com sinais de tradu????o e regula????o da express??o g??nica. An??lises in vivo est??o sendo realizadas atrav??s do sequenciamento de diversos genes em 24 gen??tipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e tr??s de outras esp??cies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleot??dica do g??nero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespec??ficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os gen??tipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespec??ficos. J?? os polimorfismos encontrados entre os gen??tipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides.  aGenoma  aINDEL  aMapeamento  aSNP  tIn: SIMP??SIO DE PESQUISA DOS CAF??S DO BRASIL, 6., 2009, Vit??ria, ES. Anais... Brasilia: Embrapa, 2009.