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Biblioteca(s):  Epagri-Sede.
Data corrente:  21/06/2011
Data da última atualização:  11/07/2011
Tipo da produção científica:  Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Autoria:  VIDAL, R.; YANAGUI, K.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P.
Afiliação:  Epagri
Título:  Análise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea spp.
Ano de publicação:  2009
Fonte/Imprenta:  In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória, ES. Anais... Brasilia: Embrapa, 2009.
Idioma:  Português
Conteúdo:  Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, e... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Genoma; INDEL; Mapeamento; SNP.
Categoria do assunto:  --
 
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Epagri-Sede (Epagri-Sede)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status  
Epagri-Sede80508 - 1UPCSP - --SEP 2473/112011.02473
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1.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R.; YANAGUI, K.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. Análise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea spp. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória, ES. Anais... Brasilia: Embrapa, 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Epagri-Sede.
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2.Imagem marcado/desmarcadoVILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G.; PEREIRA, L. F. P. Obtenção de marcadores moleculares por meio de PCR-RELP de genes relacionados com qualidade em café. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória, ES. Anais... Brasília: Embrapa, 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Epagri-Sede.
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3.Imagem marcado/desmarcadoCOLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G.; PEREIRA, L. F. P. Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RELP de genes do genoma café brasileiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória, ES. Anais... Brasília: Embrapa, 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
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