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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Epagri-Sede. |
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Data corrente: |
19/03/2012 |
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Data da última atualização: |
19/03/2012 |
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Autoria: |
NASCIMENTO, M. ; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e. |
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Título: |
Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change"). |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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653 $aBioinformática
653 $aMétodo de Tocher
653 $aMétodo de Ward
653 $aMicroarranjo
653 $aModelo autorregressivo
653 $aSérie temporal
700 1 $aSÁFADI, T.
700 1 $aSILVA, F. F. e.
773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília$gv. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011.
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Registro original: |
Epagri-Sede (Epagri-Sede) |
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