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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Epagri-Sede. |
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Data corrente: |
10/09/2009 |
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Data da última atualização: |
10/09/2009 |
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Autoria: |
RIBEIRO, D.C.; BOGO, A.; DANTAS, A.C.de M.; GOMES, E.A.; COELHO, C.M.M.; GUIDOLIN, A.F. |
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Título: |
Comparação das técnicas de PCR-RFLP e sequenciamento de região ITS-rDNA para análise filogenética de isolados de Colletotrichum spp. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista de Ciências Agroveterinárias, Lages, v. 8, n. 1, p. 43-52, jan./jun. 2009.
Boletim do Museu Paranaense Emílio Goeldi, v. 4, n. 1, p. 37-45, jan/abr., 2009
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O gênero Colletotrichum é dos grupos fitopatogênicos mais importantes, principalmente em regiões tropicais e subtropicais do mundo. A identificação das suas espécies é difícil, devido à grande variação morfológica intraespecífica. Métodos moleculares, como PCR-RFLP e o sequenciamento, têm ganhado destaque em estudos de filogenia deste
fitopatógeno. Este trabalho objetivou comparar as técnicas de PCR-RFLP e sequenciamento para análise filogenética entre isolados de Colletotrichum spp. Todos os isolados foram cultivados em meio Batata-Sacarose (BS), por uma semana a 24 oC.
Inicialmente foi realizada a amplificação do rDNA, utilizando-se iniciadores ITS1 e ITS4. A seguir foi feita a digestão da região ITS utilizando enzimas de restrição (Rsa I, Alu I, Hinf I, Hpa II, Hha I, Xho I, Acc I, Eco RI e Taq I) e revelação em gel de agarose 2%. Obteve-se uma grande variação com produtos da clivagem, de 500 a 90 pb. Os fragmentos amplificados foram purificados com o kit QIAquick Gel Extraction Kit 250 e as amostras foram sequenciadas na região ITS do rDNA de todos os isolados. As sequências foram alinhadas no software ClustalW e a árvore filogenética foi construída no software Mega 3.1. Os produtos obtidos na amplificação da região ITS1- 5.8S-ITS2 do rDNA, com a utilização do par de iniciadores ITS1 e ITS4, revelaram um fragmento de
aproximadamente 600 pb para todos os isolados analisados. A técnica PCR-RFLP não foi muito eficiente para a diferenciação das espécies de Colletotrichum spp, pois algumas das enzimas escolhidas tinham o seu sítio de clivagem em regiões conservadas, sobrepondo e mascarando os resultados. Já a técnica de sequenciamento
possibilitou a separação dos isolados por espécies e hospedeiro e permitiu a comparação com os sequenciamentos dos bancos de genes. A técnica de PCR-RFLP deve ser utilizada atrelada à técnica de sequenciamento para se obter uma maior economia e
veracidade dos resultados em estudos de filogenia de microorganismos. MenosO gênero Colletotrichum é dos grupos fitopatogênicos mais importantes, principalmente em regiões tropicais e subtropicais do mundo. A identificação das suas espécies é difícil, devido à grande variação morfológica intraespecífica. Métodos moleculares, como PCR-RFLP e o sequenciamento, têm ganhado destaque em estudos de filogenia deste
fitopatógeno. Este trabalho objetivou comparar as técnicas de PCR-RFLP e sequenciamento para análise filogenética entre isolados de Colletotrichum spp. Todos os isolados foram cultivados em meio Batata-Sacarose (BS), por uma semana a 24 oC.
Inicialmente foi realizada a amplificação do rDNA, utilizando-se iniciadores ITS1 e ITS4. A seguir foi feita a digestão da região ITS utilizando enzimas de restrição (Rsa I, Alu I, Hinf I, Hpa II, Hha I, Xho I, Acc I, Eco RI e Taq I) e revelação em gel de agarose 2%. Obteve-se uma grande variação com produtos da clivagem, de 500 a 90 pb. Os fragmentos amplificados foram purificados com o kit QIAquick Gel Extraction Kit 250 e as amostras foram sequenciadas na região ITS do rDNA de todos os isolados. As sequências foram alinhadas no software ClustalW e a árvore filogenética foi construída no software Mega 3.1. Os produtos obtidos na amplificação da região ITS1- 5.8S-ITS2 do rDNA, com a utilização do par de iniciadores ITS1 e ITS4, revelaram um fragmento de
aproximadamente 600 pb para todos os isolados analisados. A técnica PCR-RFLP não foi muito eficiente para a diferenciação das espécies de Colletotrichum spp... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Filogenia; Fungo; Maça; Malus domestica Borkh; Variabilidade genética. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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Registro original: |
Epagri-Sede (Epagri-Sede) |
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| Registros recuperados : 7 | |
| 4. |  | TOMM, G.O.; FREIRE FILHO, F.R.; DIAZ DAVALOS, E.; SILVA, C.E.P.da; SILVA, T.M.; BONATO, E.R. Comportamento de genotipos de feijao caupi enramador branco em Passo Fundo, RS. In: REUNIAO NACIONAL DE PESQUISA DE CAUPI, 5., 2001, Teresina, PI. Anais... Teresina, PI: Embrapa Meio Norte, 2001. p.179-182.| Biblioteca(s): Epagri-Sede. |
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| 5. | | TOMM, G.O.; FREIRE FILHO, F.R.; DIAZ DAVALOS, E.; SILVA, C.E.P.da; SILVA, T.M.; FONTANELI, R.S. Comportamento de genotipos de feijao caupi enramador marrom em Passo Fundo, RS. In: REUNIAO NACIONAL DE PESQUISA DE CAUPI, 5., 2001, Teresina, PI. Anais... Teresina, PI: Embrapa Meio Norte, 2001. p.175-178.| Biblioteca(s): Epagri-Sede. |
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| 6. | | TOMM, G.O.; FREIRE FILHO, F.R.; DIAZ DAVALOS, E.; SILVA, C.E.P.da; BEVILAQUA, G.P.; SILVA, T.M. Comportamento de genotipos de feijao caupi moita branco em Passo Fundo, RS. In: REUNIAO NACIONAL DE PESQUISA DE CAUPI, 5., 2001, Teresina, PI. Anais... Teresina, PI: Embrapa Meio Norte, 2001. p.187-190.| Biblioteca(s): Epagri-Sede. |
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| 7. | | TOMM, G.O.; FREIRE FILHO, F.R.; SANTOS, H.P.; DIAZ DAVALOS, E.; SILVA, C.E.P.da; SILVA, T.M. Comportamento de genotipos de feijao caupi moita marrom em Passo Fundo, RS. In: REUNIAO NACIONAL DE PESQUISA DE CAUPI, 5., 2001, Teresina, PI. Anais... Teresina, PI: Embrapa Meio Norte, 2001. p.183-186.| Biblioteca(s): Epagri-Sede. |
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